Гродзенскі дзяржаўны музей гісторыі рэлігіі з`яўляецца адзіным у Рэспубліцы Беларусь музеем, які вывучае і адлюстроўвае гісторыю рэлігіі і культуры Беларусі.

Сваю гісторыю ён пачынае з горада Полацка. У адпаведнасці з пастановай Бюро ЦК КПБ ад 23 снежня і загадам Міністэрства культуры БССР № 188 ад 4 снежня 1973 года было прынята рашэнне аб арганізацыі і стварэнні Рэспубліканскага музея атэізму ў г.Полацку (дырэктар Герман Васільевіч Чарноў). Музеям рэспублікі было даручана скласці спісы музейных прадметаў па гісторыі рэлігіі і атэізму, якія знаходзіліся ў іх фондах з мэтай фарміравання фондавых калекцый Рэспубліканскага музея атэізму.

6 чэрвеня 1977 г. пастановай Савета Міністраў БССР № 47 музей быў перайменаваны ў Рэспубліканскі музей атэізму і гісторыі рэлігіі з перанясеннем яго ў горад Гродна. Дырэктарам музея быў прызначаны Аляксей Нічыпаравіч Карпюк.

Для размяшчэння экспазіцый, фондавых калекцый і калектыву музея былі выдзелены будынкі былога жаночага манастыра Ражджаства Багародзіцы па вуліцы Новазамкавая, 3 (сучасная вуліца Давыда Гарадзенскага). У 1979 годзе ў манастырскім комплексе пачаліся рэстаўрацыйныя работы па праекце і пад кіраўніцтвам мінскага архітэктара Галіны Жаровінай і яе мужа Валянціна Калніна. Былі адрэстаўраваны будынак царквы, келейны і гаспадарчы карпусы. У той час гэта быў першы помнік, які рэстаўравалі па сапраўднай навуковай методыцы і ў поўным аб’ёме, згодна з еўрапейскімі стандартамі. Праект рэстаўрацыі храма ўлічыў рэлігійныя асаблівасці і гісторыю помніка. У мэтах прыстасавання будынка для размяшчэння музея да паўднёвага фасаду храма быў прыбудаваны двухпавярховы корпус з канферэнцзалай. Летам 1980 года ў межах праектных работ мінскімі археолагамі пад кіраўніцтвам І.Чарняўскага былі адкрыты і закансерваваны на тэрыторыі манастыра рэшткі Прачысценскай царквы – буйнейшага помніка Гродзенскай архітэктурнай школы ХІІ ст., што стала важнай вехай у развіцці археалогіі Беларусі.

Пасля правядзення рэстаўрацыйна-рамонтных работ музей атрымаў пятнаццаць экспазіцыйных, тры выставачныя і адну лекцыйную залу. Экспазіцыйная плошча склала больш за 2200 м.кв. У асобных будынках размясціліся фондасховішча, навуковая бібліятэка, рэстаўрацыйная майстэрня, гаспадарчы блок з гаражом.

Адначасова ішло праектаванне і будаўніцтва экспазіцыі, якое працягвалася да 1990 года. Аўтарам праекта афармлення экспазіцыі Рэспубліканскага музея атэізму і гісторыі рэлігіі з’яўляўся заслужаны дзеяч культуры БССР мастак Э.К. Агуновіч. Мантаж экспазіцыі праводзілі мастакі Алесь Ступень і Вячаслаў Кічко. Першыя залы экспазіцыі “З гісторыі рэлігіі і развіцця атэізму ў Беларусі” былі адкрыты для наведвальнікаў 15 студзеня 1985 г. Экспазіцыя была пабудавана па храналагічна-канфесіянальным прынцыпе, раскрывала развіццё духоўнай культуры ў Беларусі ад узнікнення рэлігійных вераванняў да 1980-х гадоў. Наступная частка экспазіцыі была прысвечана гісторыі развіцця праваслаўя, каталіцызму, уніяцтва, іудаізму, ісламу і пратэстантызму.

Важнай задачай на першым этапе дзейнасці музея з’яўлялася рэстаўрацыя помніка культавага дойлідства – Свята-Барыса-Глебскай Каложскай царквы. У 1979–1986 гг. музей ініцыіраваў правядзенне даследчых і рэстаўрацыйных работ на тэрыторыі Каложскай царквы, якія выканалі археолагі П.Рапапорт, М.Ткачоў, А.Трусаў, А.Краўцэвіч і інш. Тады ж пачаліся комплексныя даследаванні храма, якія праводзіў архітэктар Валерый Слюнчанка – лепшы знаўца гісторыі і архітэктуры храма. Пасля яго смерці работу прадоўжыў Вадзім Гліннік. Была знята тынкоўка і расчышчаны ўсе адтуліны галаснікоў. Плінфа сцен была паслядоўна прапітана двума кансервуючымі растворамі. На адной са сцен адкрылі раней закладзеныя цаглінамі нішы. У асобных з іх знайшлі фрагменты фрэсак і графіці, у левай апсідзе – рэшткі маёлікавай падлогі. Царква была часткова адрамантавана: Для прыцягнення ўвагі да праблем аднаўлення помніка быў усталяваны кантакт з Рускай Праваслаўнай Царквой. Адметнай падзеяй у гэтай сувязі стала наведванне Свята-Барыса-Глебскай Каложскай царквы Мітрапалітам Мінскім і Беларускім Філарэтам ў сакавіку 1980 г. па запрашэнні дырэктара музея. У 1982 годзе была адчынена выстава “З гісторыі Гродзенскай архітэктурнай школы”.

У лістападзе 1989 года помнік архітэктуры ХІІ ст. перадалі Свята-Пакроўскаму сабору Рускай праваслаўнай царквы ў г.Гродна. За супрацоўнікамі музея захавалася права правядзення экскурсій у храме і на яго падворку.

Акрамя экспазіцыйна-выставачнай дзейнасці музей займаўся навукова-даследчай, экспедыцыйнай работай, камплектаваннем фондаў, арганізацыяй навукова-тэарэтычных канферэнцый.

Аляксей Нічыпаравіч Карпюк прыярытэтным кірункам сваёй працы бачыў прафесійную падрыхтоўку маладога калектыву навуковых супрацоўнікаў. З гэтай мэтай было наладжана цеснае супрацоўніцтва з Музеем старажытнабеларускай культуры Акадэміі навук БССР. У 1979 годзе па ініцыятыве А.Н.Карпюка былі ўсталяваны сувязі з Дзяржаўным музеем атэізму і гісторыі рэлігіі (г. Ленінград), у якім супрацоўнікі праходзілі штогадовыя стажыроўкі, удзельнічалі ў канферэнцыях і семінарах.

У другой палове 1980-х гг. у музеі склаліся дзве традыцыі, якія існуюць і зараз. Музей стаў адным з першых у Беларусі, дзе пачалі праводзіцца канцэрты класічнай і духоўнай музыкі. Разам з тым, з 1989 г. рэгулярна пачалі ладзіцца вечарыны да Раства Хрыстова. У залах музея выступалі музыканты з розных рэспублік Савецкага Саюза. Са сваімі дэбютнымі канцэртамі ў музеі выступілі новаствораныя хор “Дойлідства” і Гродзенская капэла, у памяшканнях музея яны зрабілі і свае першыя музычныя запісы.

З сярэдзіны 1980-х гг. музей штогод у канцы мая праводзіў Дзень народнага майстра. На свята з усіх куткоў Беларусі збіраліся майстры саломапляцення, керамікі, ткацтва, скульптуры, коўкі. Свае працы прэзентавалі самадзейныя мастакі, выступалі народныя музычныя і танцавальныя калектывы, артысты тэатру і кіно.

У канцы 1980-х гг. у музеі рэгулярна праводзіліся навуковыя канферэнцыі, для ўдзелу ў якіх збіраліся буйныя гісторыкі, філосафы, рэлігіязнаўцы, культуролагі, філолагі з Беларусі і замежных краін. Па выніках работы канферэнцый друкаваліся зборнікі навуковых работ. Акрамя таго, супрацоўнікі музея актыўна публікаваліся ў энцыклапедычных выданнях, навуковых і навукова-папулярных часопісах (“Мастацтва”, “Спадчына” і інш.), выступалі з артыкуламі ў газетах.

Музейны фонд пачаў фарміравацца ў 1974 годзе. На момант пераводу музея з Полацка ў Гродна ён налічваў 1817 адзінак захоўвання (544 асноўнага, 1253 навукова-дапаможнага і 20 абменнага фонду). Пры А.Н.Карпюку ён папоўніўся на 5925 адзінак захоўвання (3645 асноўнага, 2257 навукова-дапаможнага і 23 абменнага фонду) і складаў на жнівень 1981 года 7742 адзінкі (4189 асноўнага, 3510 навукова-дапаможнага і 43 абменнага фонду). Дзякуючы намаганням і аўтарытэту А.Н.Карпюка быў вернуты з Мастацкага музея Літоўскай ССР унікальны помнік дэкаратыўна-прыкладнога мастацтва – бронзавы акваманіл XIII ст., які паходзіў з гродзенскай Барысаглебскай царквы. Фонды папоўнілі падпісны абраз гродзенскага манаха-дамініканца Гілярыя Хаецкага “Святая сям’я” (XVII ст.), выратаваныя ад спалення драўляныя скульптуры Св. Пятра і Паўла (XVIII ст.), а таксама старадрукі, падшыўкі газет “Беларуская крыніца” і “Крыніца” (1920-я гг.) і інш. Метанакіравана пачалі паступаць гісторыка-мастацкія помнікі, затрыманныя мытнай службай.

У 1980-я гады ў сувязі са стварэннем экспазіцыі пачалося актыўнае камплектаванне фондавых калекцый, музейны збор на 1 студзеня 1990 г. складаў 30931 адзінку захоўвання. Гэтаму спрыялі комплексныя экспедыцыі ва ўсе рэгіёны Беларусі, якія праводзіліся штогод і былі засяроджаны на пошуку і зберажэнні помнікаў культуры, а таксама экспедыцыі па абследаванні храмавай маёмасці. Актыўна праводзіліся закупкі ў фізічных асоб.

Са студзеня 1980 г. у музеі пачынае працаваць рэстаўрацыйная майстэрня. Першым мастаком-рэстаўратарам стала Вольга Дзмітрыеўна Гаршкавоз, а з 1982 года гэту пасаду займае Уладзімір Нікадзімавіч Кіслы.

З 13 верасня 1989 г. Рэспубліканскі музей атэізму і гісторыі рэлігіі перайменаваны ў Беларускі дзяржаўны музей гісторыі рэлігіі на падставе загада Міністэрства культуры БССР № 144.

На працягу 1992–1998 гг. будынкі, у якіх знаходзіўся музей, былі перададзены адноўленаму праваслаўнаму Свята-Раства-Багародзічнаму жаночаму манастыру:

– 07.1992 г. адміністрацыйны корпус перададзены Гродзенскаму епархіальнаму ўпраўленню Беларускай Праваслаўнай Царквы Маскоўскага патрыярхату;
– 10.1994 г. перададзена царква Раства Багародзіцы, царква Святога Сергія Раданежскага, 2-павярховы келейны будынак Гродзенскаму Свята-Раства-Багародзічнаму манастыру;
– 03.1996 г. перададзены памяшканні гаспадарчага (манастырскага) будынка першага паверха (там мясцілася фоталабараторыя, склад і бібліятэка музея);
– 02.1998 г. перададзены памяшканні гаспадарчага (манастырскага) будынка другога паверха;
– 03.2005 г. перададзены гараж.

Рашэннем Гродзенскага абласнога Савета народных дэпутатаў № 61 ад 4 сакавіка 1992 года будынак па вуліцы Замкавай, 16 (дзе пазней размясціўся музей) быў перададзены ўпраўленню па рэстаўрацыі і кансервацыі помнікаў гісторыі і культуры аблвыканкама з далейшым яго выкарыстаннем пад Беларускі дзяржаўны музей гісторыі рэлігіі. І толькі ў жніўні 2005 года ў сувязі з ліквідацыяй УП “Гродна-Рэстаўрацыя” музей атрымаў двухпавярховы палац (агульнай плошчай 1282,7 м.кв. – у тым ліку 572,2 кв. м ужо выкарыстоўвалася ўстановай, а 710,5  кв. м знаходзілася ў стадыі рэканструкцыі), які з’яўляецца помнікам грамадзянскай архітэктуры эпохі класіцызму з элементамі барока сярэдзіны XVIII ст. і патрабаваў рэстаўрацыі і прыстасавання пад патрэбы музея.

З 26 ліпеня 2005 г. у найменні ўстановы культуры “Беларускі дзяржаўны музей гісторыі рэлігіі” слова “Беларускі” заменена на “Гродзенскі”.

У 2006 годзе пачаліся рамонтна-рэстаўрацыйныя работы. Будаўнічыя працы на аб’екце былі завершаны толькі ў 2009 г.