Гродненский государственный музей истории религии — единственный музей в Республике Беларусь, изучающий и отражающий историю религии и культуры Беларуси.

Своё начало он берёт в Полоцке. В соответствии с решением Бюро ЦК КПБ от 23 декабря, и по указу Министерства культуры БССР № 188 от 4 декабря 1973 года, было принято решение об организации и создании Республиканского музея атеизма в Полоцке (директор Герман Васильевич Чернов ). Музеям республики было поручено создание списков музейных предметов по истории религии и атеизма, которые находились в их фондах для формирования коллекций Республиканского музея атеизма.

6 июня 1977 г. согласно решению Совета Министров БССР № 47, музей был переименован в Республиканский музей атеизма и истории религии переведён в Гродно. Алексей Никифорович Карпюк был назначен директором музея.

Для размещения экспозиций, фондовых коллекций и сотрудников музея были выделены строения бывшего женского монастыря Рождества Богородицы по улице Новозамковая, 3 (современная улица Давида Гродненского). В 1979 году в монастырском комплексе начались реставрационные работы по проекту и под руководством минского архитектора Галины Жаровиной и ее супруга Валентина Калнина. Были отреставрированы церковь, келейный и хозяйственный корпуса. В то время это был первый памятник, который отреставрировали по настоящему научным методом и в полном объеме, в соответствии с европейскими стандартами. В проекте реставрации храма были учтены религиозные особенности и история памятника. В целях адаптации здания для размещения музея к южному фасаду храма было пристроено двухэтажное здание с конференц-залом. Летом 1980 года в рамках проектных работ минскими археологами под руководством И. Чернявского были обнаружены и сохранены на территории монастыря остатки Пречистенской церкви – крупнейшего памятника гродненской архитектурной школы XII в., что стало важной вехой. в развитии археологии Беларуси.

После проведения реставрационных работ музей получил пятнадцать экспозиционных залов, три выставочных зала и один лекционный зал. Выставочная площадь составила более 2200 квадратных метров. В отдельных зданиях располагались фондохранилище, научная библиотека, мастерская реставратора, администрация и гараж.

В то же время шло проектирование и строительство экспозиции, которое продолжалась до 1990 года. Автором проекта оформления экспозиции Республиканского музея атеизма и истории религии был заслуженный деятель культуры БССР художник Е.К. Агунович. Монтаж экспозиции проводили художники Алесь Ступень и Вячеслав Кичко. Первый зал экспозиции «Из истории религии и атеизма в Беларуси » был открыт для посетителей 15 января 1985 г. Экспозиция была построена по хронологически-конфессиональному принципу и раскрывала развитие духовной культуры Беларуси от возникновения религиозных верований до 1980-х гг. Следующая часть экспозиции была посвящена истории православия, католицизма, униатства, иудаизма, ислама и протестантизма.

Важной задачей на первом этапе существования музея была реставрацией памятника культовой архитектуры – Борисоглебской (Коложской) церкви. В 1979–1986 гг. музей инициировал исследовательские и реставрационные работы на территории Коложской церкви, которые проводили археологи П. Раппопорт, М. Ткачев, А. Трусов, А. Кравцевич и другие. Тогда же было начато комплексное исследования храма, которое провел архитектор Валерий Слюнченко — лучший знаток истории и архитектуры храма. После его смерти Вадим Глинник продолжил его дело. Была снята штукатурка и прочищены все отверстия голосников. Плинфа стен была последовательно пропитана двумя консервирующими растворами. На одной из стен открылись ранее выложенные кирпичом ниши . В некоторых из них были обнаружены фрагменты фресок и граффити, в левой апсиде — остатки майоликового пола. Церковь была частично отремонтирована, чтобы привлечь внимание к проблемам восстановления памятника был установлен контакт с Русской Православной Церковью. Важным событием было посещение Борисоглебской церкви митрополитом Минским и Белорусским Филаретом в марте 1980 года по приглашению директора музея. В 1982 г. Была открыта выставка «Из истории Гродненской архитектурной школы».

В ноябре 1989 г. памятник архитектуры XII века был передан Свято-Покровскому собору Русской Православной Церкви в Гродно. Сотрудники музея сохранили за собой право проводить экскурсии по храму и его двору.

Помимо экспозиционно-выставочной деятельности музей занимался исследовательской, экспедиционной работой, комплектованием фондов, организацией научно-теоретических конференций.

Приоритетным направлением своей работы Алексей Никифорович Карпюк видел профессиональную подготовку молодого коллектива научных кадров. Для этого сотрудничество было налажено сотрудничество с Музеем древней белорусской культуры Академии наук БССР. В 1979 году по инициативе А.Н. Карпюка была налажены контакты с Государственным музеем атеизма и истории религии (Ленинград), в котором сотрудники проходили ежегодные стажировки, участвовали в конференциях и семинарах.

Во второй половине 1980-х гг. в музее были заложены две традиции, которые сохранились и сегодня. Музей стал одним из первых в Беларуси, где стали проводиться концерты классической и духовной музыки. Вместе с тем, с 1989 года регулярно стали проходить утренники перед Рождеством Христовым. В залах музея выступали музыканты из разных республик Советского Союза. Новообразованный хор «Архитектура» и Гродненская капелла проводили свои дебютные концерты в музее, также они сделали свои первые музыкальные записи в стенах музея.

С середины 1980-х гг. музей ежегодно проводил День народного мастера в конце мая . На праздник со всех уголков Беларуси собирались мастера соломоплетения, керамики, ткачества, скульптуру, ковки. Свою работу предсталяли художники-любители , выступали народные музыкальные и танцевальные коллективы, артисты театра и кино.

В конце 1980-х гг. в музее регулярно проводились научные конференции, на которых присутствовали крупные историки, философы, богословы, культурологи, филологи из Беларуси и зарубежных стран. По результатам этих конференций были опубликованы сборники научных работ. Кроме того, сотрудники музея активно публиковались в энциклопедических изданиях, научных и научно-популярных журналах («Искусство», «Наследие» и др.), выступали со статьями в газетах.

Музейный фонд начал формироваться в 1974 году. На момент перевода музея из Полоцка в Гродно в нем было 1817 единиц хранения (544 основных, 1253 научно-вспомогательных и 20 обменного фондов). При А.Н. Карпюке, он был пополнен на 5925 единиц хранения (3645 основных , 2257 научно-исследовательских и 23 обменных фондов) и в августе 1981 года составил в 7742 единиц (4189 основных , 3510 научно-исследовательских и 43 обменных фондов). Благодаря к усилиям и авторитету А.Н. Карпюка, был возвращен из художественного музея Литовской ССР уникальный памятник декоративно-прикладного искусства – бронзовый акваманил XIII в., который был найден в Борисоглебской церкви в Гродно. Фонды пополнились авторской иконой гродненского монаха-доминиканца Гилярия Хаецкого «Святое семейство» (XVII в.), спасенными от сожжения деревянными скульптурами Петра и Павла (XVIII в.), а также старопечатными книгами , подшивками газет «Беларуская крыніца» и «Крыніца» (1920 — е годы). Целенаправленно начали поступать историко-художественными ценности, задержаные таможенной службой.

В 1980 — е годы, в связи с созданием экспозиции началось активное укомплектование фондовых коллекций,  музейные коллекции на 1 января 1990 насчитывали 30931 единиц хранения. Этому способствовали комплексные экспедиции по всем регионам Беларуси, которые проводились ежегодно и были направлены на поиск и спасение памятников культуры, а также экспедиции по осмотру храмового имущества. Активно осуществлялись закупки у физических лиц.

В январе 1980 года в музее начинала работать реставрационная мастерская. Ольга Дмитриевна Горшковоз стала первым художником-реставратором, а с 1982 года эту должность занимает Владимир Никодимович Кислый.

13 сентября 1989 года город Республиканский музей атеизма и истории религии был переименован в Белорусский государственный музей истории религии на основании приказа Министерства культуры Республики Беларусь № 144.

На протяжении 1992–1998 гг. здание, в котором находился музей, были переданы воссозданому православному Свято-Рождество-Богородицкому женскому монастырю:

— 7 июля 1992 года административное здание было передано Гродненскому епархиальному управлению Белорусской Православной Церкви Московского Патриархата;
— 10,1994 был передана церковь Рождества Богородицы, церковь св. Сергия Радонежского, двухэтажный келейный корпус;
— 1996 г. переведен в помещения первого этажа хозяйственного корпуса (там размещались фотолаборатория, склад и библиотека музея);
— 1998 г. переданы помещения второго этажа хозяйственного корпуса;
— 03 2005 г. был передан гараж.

Решением Гродненского областного совета народных депутатов № 61 от 4 марта 1992 года здание по улице Замковая , 16 (в котором впоследствии разместился музей) было передано в управление по реставрации и сохранению памятников истории и культуры. облисполкома для дальнейшего его использования Белорусским государственным музеем истории религии. И только в августе 2005 г. в связи с ликвидацией УП «Гродно-Реставрация» музей получил двухэтажный дворец (общей площадью 1282,7 кв. м.), который является памятником гражданской архитектуры эпохи классицизма с элементами барокко середины XVIII в., которому требовалась реставрация и приспособление под нужды музея.  

26 июля 2005 г. слово «Белорусский» было заменено на «Гродненский» в названии этого учреждения культуры «Белорусский государственный музей истории религии».

В 2006 году начались ремонтно-восстановительные работы. Строительные работы на объекте были завершены только в 2009 году.